Колоноскопия во многом схожа с ректороманоскопией, но не является ей, разница заключается в обследуемых частях кишечника: колоноскопия позволяет обследовать весь толстый кишечник (120—152 см от общей длины), а ректороманоскопия — его дистальную часть (последние 60 см). Также, существует ещё один метод диагностики заболеваний толстого кишечника, основанный на рентгене – ирригоскопия. Но он годится исключительно для контурной диагностики, в то время как небольшие изменения рельефа в нем незаметны. Виртуальная колоноскопия — разновидность колоноскопии в 2D/3D формате, реконструируемая из результатов компьютерной томограммы (КТ) или магнитной резонансной томографии (ЯМРТ) и относящаяся к полностью не инвазивным диагностическим методикам. На данный момент существуют споры относительно диагностических возможностей виртуальной колоноскопии. К тому же, виртуальная колоноскопия не позволяет проводить терапевтические манипуляции, такие как биопсия и удаление полипов/опухолей, и выявлять повреждения размером до 5 мм.