Перед проведением микционной цистографии рекомендуется провести общую подготовку обследуемого, как и при других методах рентгенологического исследования органов мочевыделительной системы: за двое суток ограничить приём продуктов, стимулирующих газообразование в кишечнике, провести очистительную клизму накануне исследования, вечером, и утром, непосредственно перед процедурой. Далее с помощью катетера, введённого через мочеиспускательный канал в мочевой пузырь, нагнетают рентгеноконтрастное вещество (разновидность и количество подбирается на усмотрение специалиста). Таким образом, перед проведением снимка, контраст находится в мочевом пузыре. Далее больного просят помочиться и уже в процессе совершения акта мочеиспускания рентгенолог производит рентгеновский снимок. Некоторые авторы рекомендуют делать снимок не только в процессе мочеиспускания, но до него, сразу после заполнения мочевого пузыря рентгеноконтрастным веществом.